Историското одделение во Битолскиот музеј го опфаќа периодот од доселувањето на Словените на овие простори па се до современата историја.Одделението во Битола е формирано во 1952 година.
Средниот век кој во суштина е најмалку проучен се надополнува со археолошките наоди. Со цел и овој период да биде прикажан и презентиран во развојот на Битола во најголема мера, Одделението, покрај археолошките предмети, својот фонд го збогатува со изработка на копии од фреско живопис, факсимили, илустративен материјал, стари монети и географски карти, оригинални икони, турски тапии, извадоци од турски документи и др.
Развојот на Историското одделение може да се следи од почетокот на 70-те години, кога и се формираат како посебни одделенијата за Националната преродба, Илинден, периодот од Балканските војни, меѓу двете Светски војни, НОВ и најновата историја.
Во 1972 година, отпочна рекогносцирањето на теренот на Битола и Битолско, истражување во архивите, музеите во Републиката, Институтот за национална историја и други установи и институции. Реализирани се истражувања во 1980 година во институциите во Белград, како Архивот на Србија, тогашниот Југословенски историски архив, Воениот музеј и сл. Исто така, во 2000 година извршено е истражување во Централниот државен историски архив во Софија од каде се набавени над 700 документи кои во поголем дел се непознати за македонската историографија.
Од сите овие истражувања одделението Национална преродба и Илинденскиот период па се до Првата светска војна располага со фондови од над 1500 единици архивска граѓа, преку 4000 фотодокументи и преку 300 парчиња оружје, печати, медалји и друг вид оригинални предмети. Во поглед на презентацијата на музејскиот материјал досега се организирани бројни тематски изложби од кои би ги издвоиле:
- “Илинден во Битолскиот револуционерен округ”,
- Изложби посветени на Даме Груев (во 1963, 1973, 1981 година)
- Стална музејска поставка како спомен музеј, посветена на великанот на Македонското револуционерно движење, Гоце Делчев, на ул. “Стевче Патакот” бр.11. (1988 година)
- Изложба на тема ”Културата во животната и работната средина” која беше отворена на 24 октомври 1980 година во Сава центарот, во Белград по повод 35 годишнината од формирањето на УНЕСКО
- Изложба на тема “Илинден” во Домот на културата Битола(1993 година).
- По повод 95 години од Илинденското востание, во Завод и музеј Битола беше поместена голема документарна изложба “Илинденското востание во Битолскиот револуционерен округ” и за таа пригода подготвен е каталог.
- Изложба “100 години од Илинденското востание” ( 2003 година) документарна изложба на 40 паноа, со голем број новооткриени документи и архивска граѓа во нов дизајн во боја за прв пат применет во оваа изложба.
- Периодот од Балканските војни, меѓу двете светски војни, НОВ и современата историја на Битола, во работата на Музејот може да се следи од 50-те години. Во поглед на истражувачката, собирачката и откупната дејност на ова одделение ги истакнуваме фондовите :
- Фонд на предмети, оружје, медали, предмети за лична употреба од периодот меѓу двете светски војни 500
Стара Битола, разгледници, фотографии 500 - Развој на физичката култура и спортот во Битола
- Фонд – Повоена изградба на Битола 15000
- Фонд на приватниот фотограф Михајло Зега со околу 60000 негативи и фотографии и околу 50 предмети од фото техника
- Фонд за Битолската гимназија – 1000 фотографии
Вака богатите фондови од овој период овозможија и богата презентациска дејност со реализација на бројни изложби и постојани музејски поставки, како:
- реализација на постојаната музејска поставка за животот и делото на народниот херој Стеван Наумов Стив, во родната куќа на херојот, на ул. “Пецо Божиновски” бр.11, отворена на 4 јули 1961 година. Обновена во 1978 година и во 2002 год. ;
- 1950 година реализација на две тематски изложби “Социјалистичка изградба”,
- “Народноослободителната војна од овој крај”;
- 1964 година поставување на постојаната музејска поставка “ Битола и Битолско во Народноослободителната војна”;
- 1979 година “35 години социјалистичка изградба”;
- 1982 година “Народните херои Стив и Мите”;
- 1984 година “Битола вчера денес”;
- 1985 година “40 години од првата настава на македонски јазик”;
- 1988 година постојаната поставка “Лавци во Народноослободителната и антифашистичка војна”;
- 1986 година “Физичката култура и спортот во Битола и Битолско”;
- 1993-2003 година “Битолчани за своите сограѓани Евреи”,
- 1999 година, “Битола, бабам Битола” низ стари разгледници и фотографии;
- Постојаната музејска поставка во порталот на Еврејските гробишта во 2001 “Битолските Евреи”;
2004 година “60 години од формирањето на Егејската бригада”
Во овој развоен период на историското одделение покрај назначените изложби реализирани се и над 50 други не помалку значајни тематски изложби.
