Со одлука на Владата на Република Македонија за утврдување на мрежата на национални установи од областа на културата (Службен весник на РМ број: 84/2003), Заводот за заштита на спомениците на културата, музеј и галерија Битола доби статус на национална установа од областа на културата и се преименува во Завод за заштита на спомениците на културата и музеј Битола, односно Завод и музеј Битола.

Денес, Заводот за заштита на спомениците на културата и музеј Битола, е национална установа од областа на културата чија основна дејност е заштита, систематизација, научна обработка и презентација на културното наследство во Општина Битола.

Својата дејност, програма, цели и задачи, институцијата ги остварува преку секторите за музејска дејност, заштитна дејност и секторот за заеднички служби.

Заводот и музеј Битола во вршењето на својата дејност ги користи следните објекти:

  • Стара касарна,
  • Aнтички локалитет Хераклеја Линкестис,
  • Уметничка галерија (Јени џамија),
  • Спомен куќа Гоце Делчев,
  • Спомен куќа Стеван Наумов Стив
  • Културен центар Магаза.